ChromasPro是一款免费的DNA测序项目管理軟件，为用户提供了多种分析序列所需工具，可以从多个程序和文件类型导入序列的详细信息，支持编辑数据以提高序列组装。采用峰图的转换模式对基因变化的点、线、区域进行直观的分析。

ChromasPro功能

以应用生物系统、Staden色谱图(SCF)、MegaBace (esd)、FASTA、EMBL、GenBank、SwissProt,、GenPept、GCG RSF和纯文本格式打开和保存序列。

將重疊序列組裝一致，自動顯示含糊不清的序列並編輯。

用高質量數據自動消除低質量序列並提高序列集合。

查看檢測基因型文件。

生成限制位點和片段圖，並且列舉切割、無切割和片段。

染色體圖開放閱讀框，借助G+C框架圖，點擊一下即可翻譯ORFs。

打印色譜圖，限制位點和片段圖，並且打開閱讀框架圖。

執行核苷和蛋白質BLAST，通過NCBI網站搜索。

通過ClustalW的界面執行多序列。

逆向&補充序列和色譜圖。

通過准確匹配或最佳隊列搜索序列。

當編輯核苷酸系列時顯示翻譯。

執行反向翻譯和標出核苷酸退化。

劃分蛋白質的親水性和抗原性。

複制色譜圖截面的圖形粘貼到文檔或演示文件中。

ChromasPro安裝教程

1、双击“ChromasPro213Setup.exe”开始軟件的安装，如下图，选择i accept

2、继续下一步设置軟件安装目录，默认为“C:\Program Files\ChromasPro2”

3、繼續下一步設置開始菜文件夾名稱，我們可以保持默認

4、繼續下一步設置桌面快捷方式，我們選擇建立桌面圖標

5、繼續next，如下圖點擊install，稍等一會兒就可以完成ChromasPro的安裝了

ChromasPro使用教程

打開email後，把附件中的所有文件保存到硬盤，先閱讀使用說明，然後運行Chromas補丁文件，接著雙擊打開Chromas應用程序，圖1爲打開Chromas後的程序界面。

1. 点击菜单栏上的“File”中的“Open”或点击工具栏上的“Open”按钮,打开文件。

如图 2，找到您存放email结果的目录，选中一个图谱文件(在此以图谱A为例)。

2. 打开了图谱文件以后，窗口内显示的是测序结果的峰形图.

由于測序儀器或其它一些原因測序結果會有一些誤差。

雙脫氧終止法測序是從引物3'端之後第一個堿基開始測序.沒有測序的引物序列.

測序時，由于熒光染料的幹擾，測序結果在引物3'端後面的10至30個，嚴重時可能達到70個以上堿基不一定能夠准確判讀，需你根據自己的已知序列信息及測序彩圖作出判斷

如圖在第一個位置處漏讀了一個A，在第五和第六個堿基中間，測序儀漏讀了一個A堿基，第二個堿基測序儀把C和A兩個堿基誤讀爲一個N值等。由于染料單體的幹擾和遷移率的原因，這些問題較多的發生在序列的起始的部分。這些機器造成的錯誤可以人爲的把其校正修改過來。圖4爲修改後的序列圖譜。

但並不是所有的N值都可以校正，在此以PCR樣品的B序列圖譜爲例，如圖5，此序列在79bp後許多地方有N值，由于樣品突變的原因，該序列中明顯包含兩種模板，因此有兩套峰，這些N值是不能正確校正的，只能將該樣品進行克隆後進行測序。

由于測序膠體遷移率的原因，一般的樣品在500bp後峰形會有所變差，這樣只能根據峰形作適當的修改，隨著往後的峰形越差，能辨別的程度也就越低，若要確切的知道後面的序列，建議根據情況加測反應。

要提醒的是，校正堿基一定要根據峰形來作適當的校正，一個峰對應一個堿基，不可盲目修改。

3. 可以选取菜单栏上的“Edit”中的“Copy Sequence”下的命令来复制整个序列，“Plain Text”可把序列复制为纯文本形式，“FASTA Format”可把序列复制为FASTA格式，然后把内容粘贴到文本编辑器中，如记事本，如图6。

4. 可选取菜单栏上的“Edit”中的“Reverse Complement”来给序列做反向互补，如图7。

另外,还可以选取“File”中的“Export”或直接单击工具栏上的“Export”按钮来导出文件，导出文件时可以选三种不同的格式：“Line”、“Formatted Text”、“FASTA”。如图8。导出后的文件SEQ格式，即我们email给您的结果中的序列文件。